1. Hauptrunde 08. - 10.09.2006
| SV Sandhausen - SpVgg Greuther Fürth |
0 : 2 |
| VfL Osnabrück - Eintracht Braunschweig |
3 : 1 |
| SC Westfalia Herne - Erzgebirge Aue |
1 : 2 |
| 1. FC Magdeburg - SC Paderborn 07 |
7 : 8 n.E. |
| SpVgg Bayreuth - Kickers Offenbach |
0 : 2 |
| Tennis Borussia Berlin - Karlsruher SC |
1 : 3 |
| SSVg. Velbert - SpVgg Unterhaching |
0 : 3 |
| SV Rossbach - Borussia Mönchengladbach |
1 : 4 |
| Rot-Weiß Ahlen - MSV Duisburg |
1 : 2 |
| Dynamo Dresden - Hannover 96 |
2 : 3 |
| SV Babelsberg 03 - Hansa Rostock |
2 : 1 |
| Carl Zeiss Jena - 1. FC Köln |
1 : 2 |
| VfB Lübeck - TSV 1860 München |
1 : 0 |
| Delbrücker SC - SC Freiburg |
2 : 4 |
| Hansa Rostock II - FC Schalke 04 |
1 : 9 |
| TSG Thannhausen - Borussia Dortmund |
0 : 3 |
| FC Bremerhaven - VfL Wolfsburg |
1 : 3 |
| FK Pirmasens - Werder Bremen |
5 : 3 n.E. |
| BV Cloppenburg - 1. FC Nürnberg |
0 : 1 |
| 1. FC Gera 03 - 1. FC Kaiserslautern |
0 : 2 |
| Rot-Weiss Essen - Energie Cottbus |
1 : 0 |
| Stuttgarter Kickers - Hamburger SV |
4 : 3 n.V. |
| TuS Koblenz - Bayer Leverkusen |
3 : 5 n.E. |
| 1. FC Saarbrücken - FSV Mainz 05 |
1 : 0 |
| Chemnitzer FC - Alemannia Aachen |
0 : 2 |
| SV Darmstadt 98 - Hertha BSC Berlin |
0 : 1 n.V. |
| SC Pfullendorf - Arminia Bielefeld |
2 : 1 |
| FC Augsburg - Wacker Burghausen |
3 : 4 n.V. |
| Alemannia Aachen II - VfB Stuttgart |
0 : 4 |
| Spfr. Siegen - Eintracht Frankfurt |
0 : 2 |
| FC 08 Homburg - VfL Bochum |
1 : 2 |
| FC St. Pauli - Bayern München |
1 : 2 n.V. |
2. Hauptrunde 24. - 25.10.2006
| SV Babelsberg 03 - VfB Stuttgart |
2 : 4 |
| 1. FC Saarbrücken - SpVgg Greuther Fürth |
0 : 2 |
| FK Pirmasens - SpVgg Unterhaching |
0 : 3 |
| VfB Lübeck - Wacker Burghausen |
4 : 5 n.E. |
| VfL Bochum - Karlsruher SC |
3 : 2 |
| VfL Wolfsburg - SC Freiburg |
1 : 0 |
| Borussia Dortmund - Hannover 96 |
0 : 1 |
| 1. FC Köln - FC Schalke 04 |
4 : 2 n.V. |
| Alemannia Aachen - Erzgebirge Aue |
4 : 2 n.V. |
| SC Pfullendorf - Kickers Offenbach |
0 : 2 |
| VfL Osnabrück - Borussia Mönchengladbach |
2 : 1 |
| SC Paderborn 07 - 1. FC Nürnberg |
1 : 2 n.V. |
| Rot-Weiss Essen - Eintracht Frankfurt |
1 : 2 |
| MSV Duisburg - Bayer Leverkusen |
3 : 2 n.V. |
| Stuttgarter Kickers - Hertha BSC Berlin |
0 : 2 |
| Bayern München - 1. FC Kaiserslautern |
1 : 0 |
