| Platz | Verein | Sp. | P. |
| 1. | VfL Osnabrück | 26 | 45 |
| 2. | 1. FC Heidenheim 1846 | 26 | 44 |
| 3. | FC Ingolstadt 04 | 25 | 41 |
| 4. | Kickers Offenbach | 26 | 41 |
| 5. | Erzgebirge Aue | 25 | 41 |
| 6. | SV 1916 Sandhausen | 25 | 37 |
| 7. | Eintracht Braunschweig | 24 | 35 |
| 8. | Rot-Weiß Erfurt | 25 | 35 |
| 9. | Jahn Regensburg | 23 | 34 |
| 10. | Wacker Burghausen | 24 | 33 |
| 11. | FC Bayern München II | 23 | 32 |
| 12. | SpVgg Unterhaching | 25 | 31 |
| 13. | Carl Zeiss Jena | 23 | 31 |
| 14. | Dynamo Dresden | 24 | 30 |
| 15. | Borussia Dortmund II | 23 | 29 |
| 16. | SV Werder Bremen II | 22 | 28 |
| 17. | VfB Stuttgart II | 24 | 27 |
| 18. | SV Wehen Wiesbaden | 25 | 26 |
| 19. | Holstein Kiel | 23 | 25 |
| 20. | Wuppertaler SV | 23 | 25 |